AWS HealthOmics が Nextflow 26.04 をサポート — Hello World で試してみた

• URL: https://dev.classmethod.jp/articles/aws-healthomics-nextflow-26-04-hello-world/

• 日付: 2026-06-14

• Tier: Tier 2

• 要旨: 2026年6月に AWS HealthOmics が Nextflow 26.04.0 をサポート。26.04.0 は strict v2 構文パーサがデフォルト化されたメジャーアップデート。manifest.nextflowVersion = '26.04.0' の完全一致指定で Hello World ワークフロー（COMPLETED ステータス・S3 出力）を確認。

詳細

• バージョン指定の罠: HealthOmics は範囲指定（>=24）の場合 v24.10.8 → v25.10.0 → v26.04.0 の優先順位で最優先を選ぶため、>=24 と書くと v24.10.8 が選ばれる。26.04.0 を使うには完全一致指定が必要。
• Strict v2 パーサ: 26.04.0 はデフォルト strict v2 構文パーサ。レガシー v1 構文のワークフローを使いたい場合は StartRun の engineSettings で syntaxVersion: v1 を指定。
• コンテナは ECR プライベートリポジトリに格納が必要。ARM マシンでは --platform amd64 で明示的に amd64 イメージを取得すること。
• リージョンは us-east-1 のみ（東京未対応）。